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化石是一个汉语词汇，拼音是huà shí。主要有三种意思：
一指地壳中保存的属于古地质年代的动物或植物的遗体、遗物或遗迹；二指变化为石；三指炼丹。

由于冰河运动、地壳变迁等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，经过亿万年的演变，生物硬体部才被保存下来。但躯体肉质软组织（包括耳朵、内脏器官）演变为化石的可能性微乎其微，在自然环境下很容易被微生物腐蚀溶化，所以很难形成实体肉化石，因存世量少收藏价值。学者黄锦祥发现的“耳朵”化石，使我们清楚了解到地球上确实有“肉化石”存在，是人类自然科学史上的一次重大发现。 [1-2]

《山海经》也有“石鱼”（即鱼化石）的记述；南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述；宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源，已有了正确认识。迄今，发现早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。

通常如肌肉或表皮等柔软部分在保存前就已腐蚀殆尽，而只留下抵抗性较大的部分，如骨头或外壳。它们接着就被周围沉积物的矿物质所渗入取代。许多化石也被覆盖其上的岩石重量压平。


煤系地层是生存于古生代时的植物的化石的主要来源。煤炭矿是采集化石好的场所，而且碳本身便是化石植物的残留，虽然植物化石的结构细节很少会留在碳中。在苏格兰格拉斯哥维多利亚公园中的化石森林里，有发现鳞木的树干。


舌羊齿属等种子蕨的化石广泛分布在南半球的数个大陆中，此一事实支持了阿尔弗雷德·魏格纳所提出的大陆漂移学说。