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通常如肌肉或表皮等柔软部分在保存前就已腐蚀殆尽,而只留下抵抗性较大的部分,如骨头或外壳。它们接着就被周围沉积物的矿物质所渗入取代。许多化石也被覆盖其上的岩石重量压平。
有胚植物现知古老的生痕化石源自于奥陶纪,虽然此类的化石是零碎不全的。到了志留纪才有完整个化石被保留下来,包括石松门的“刺石松”。泥盆纪之后,莱尼蕨门的详细化石在此时期被发现,此化石显示出了其植物组织的单一个细胞。泥盆纪时亦出现了被认为是古老树木的植物“古羊齿属”,此类植物在其树干上有蕨叶,但此蕨叶不会产生孢子。
舌羊齿属等种子蕨的化石广泛分布在南半球的数个大陆中,此一事实支持了阿尔弗雷德·魏格纳所提出的大陆漂移学说。